Raamat "Kärbeste jumal" räägib grupi inglise poiste elust, kes on sattunud lennuõnnetuse läbi asustamata saarele. Seiklusjutu pingelisusele on teoses lisatud ka filosoofiline sügavus. Lugu püüab näidata inimsoo veres pesitsevat vaenulikkust ja tapjaiha, mis võib teatud äärmuslikes tingimustes ilmneda juba lapsepõlves.

Teos algab hetkest, mil poisid on kukkunud lennukiga tundmatule saarele, mis hilisema uurimise käigus osutub asustamata paigaks. Poisid kogunevad ja arutavad, mida edasi teha maailmas, mida äkitselt ei juhi kogenud ja targad täiskasvanud. Valitakse pealik, kelleks saab "mõistlikkuse kehastus" Ralph. Otsustatakse teha seadused ja pidada koosolekuid, mille kokku kutsumiseks kasutatakse merikarbi puhumist. Koosolekul räägib see, kelle käes on parasjagu karp ja kõik teised on sunnitud kuulama.

Kõige olulisemaks eesmärgiks seatakse Ralph'i eestvõttel saarelt pääsemine. Selleks otsustatakse teha mäe otsa lõke, mis oleks suitsusignaaliks laevadele. Signaali süütamiseks kasutati ühe poisi prille, keda hüüti tema kohmakuse ja inetu välimus tõttu Põssaks. Suures tuleriida kokkutassimise saginas aga juhtus esimene õnnetus - mets süttis põlema. Tuli küll vaibus, kuid kadunuks jäi üks väike poiss.

Edaspidi hakkas Ralph tegelema onnide ehitamise organiseerimisega. Alates sellest ettevõtmisest ilmnesid aga lahkhelid. Nimelt oli veel üks noormees, kes juhtis suuremat gruppi poisse ja ihkas kõigile pealikuks saada. See oli Jack Merridew. Jack aga ei pidanud oluliseks mitte märgutule hoidmist ja onnide ehitamist, vaid saarel ringi jooksvate metssigade küttimist. Ühe jahiretke ajal sõitis saarest mööda laev. Kütid olid aga metsas ja lasid signaaltulel kustuda. Nii magasid verejanulised jahimehed maha väga olulise pääsemisvõimaluse. Sellest tõusis suur tüli ja rivaalid (Jack ja Ralph), kes algul olid hoidunud kokkupõrgetest, olid siitpeale lepitamatud.

Suuremad tülid pealiku ja Jack'i vahel tekkisid aga saarel elava "koletise" avastamise käigus. Koletist tegelikult muidugi ei olnud, kuid poiste hirm pimeduse saabudes aitas kergesti tekkida pettepiltidel. Jack tahtis hirmsat elukat rünnata ja oli valmis riskima, ta tembeldas pealiku argpüksiks. Ralph aga üritas kasutada mõistust ja ei tormanud pea ees kõigega võitlema. Lahkheli tulemusena lahkus küttide pealik poiste juures ja moodustas oma suguharu, millega ühinesid üksteise järel peaaegu kõik vanemad poisid.

Suguharu tegeles peamiselt küttimisega. Samuti tantsisid ja laulsid nad jahiretkedest. Olulised olid suured söömapeod. Kamba liikmed kandsid sõjamaalingut ja pidid olema Ralph'ile ustavate poiste vastu. Peagi tekkis kohutav vaen kahe kamba vahel. Jack'ile alluvad poisid tapsid sõjamängude käigus väikese Simon'i ja ei kohkunud edaspidi tagasi inimese tapmise ees.

Ralph'ile olid ustavaks jäänud vaid kaksikud Sam ja Eric ning Põssa. Nad olid jõuetud neljakesi lõket pidevalt põlemas hoidma ja otsustasid selle prillide abil süüdata igal hommikul uuesti. Öösel aga tulid vastassuguharu liikmed nende lõkkest põlevaid puid varastama ja märkasid, et tuld polegi. Nad röövisid Põssa prillid.

Järgmisel päeval läksid Põssa, Ralph, Sam ja Eric prille tagasi küsima. Jack aga reageeris raevukalt - Põssa tapeti, Sam ja Eric võeti vangi ning sunniti suguharuga ühinema. Ralph pääses üksi põgenema. Pimeduse saabudes hiilis ta kaljude juurde, kus asus suuharu kindlus ning rääkis valdust valvama pandud kaksikutega. Nad ütlesid, et hommikul kammitakse kogu saar läbi ja Ralph tapetakse.

Ralph otsustas pugeda peitu tihnikusse ja lootis, et teda ei leita. Kütid aga paljastasid ta ja panid džunglile tule otsa, et teda välja suitsetada. Tuli võttis enda alla enamiku saarest ja levis kogu aeg edasi. Ralph hakkas küttide eest meeletu kiirusega jooksma. Ta tundis, et ei ole neist võimeline läbi murdma ja peitis end uuesti. Metslased leidsid ta jälle üles ning ta pages rannale. Seal komistas ta mereväeohvitseri otsa, kes oli suure suitsu peale kohale tulnud.

Ohvitser pöördus Ralph'i poole.

"Me võtame teid kaasa. Kui palju teid siin on?"

Ralph kehitas õlgu. Ohvitser vaatas temast mööda, võõbatud poistesalga poole.

"Kes siin ninamees on?"

"Mina," ütles Ralph valjusti.

Üks jõnglane, kes kandis iseäraliku musta mütsi jäänuseid, katkised prillid vööl, nõksatas ettepoole, aga mõtles nähtavasti ümber ja jäi vaikselt seisma.

"Me nägime teie suitsu. Nii et te ei tea siis, kui palju teid siin on?"

"Ei, sir."

Ohvitser kujutles endamisi saare läbiotsimist, mis tal ees seisis. "Mina oleksin küll arvanud," ütles ta, "et kamp inglise poisse... te olete ju kõik inglased... näitab ennast paremast küljest... see tähendab..."

"Alguses oligi nii," vastas Ralph, "enne kui..."

Ta jäi vait.

"Me olime siis veel kõik koos..."

Ohvitser noogutas julgustavalt.

"Ma tean. Tore pilt küll. Nagu "Korallisaares"."

Ralph vaatas talle sõnatult otsa. Hetkeks vilksatas ta ajus hägune mälestus kummalisest võlusärast, mis kunagi oli hõljunud selle ranna kohal. Aga nüüd oli saar nagu kuivanud, kõrbenud puutükk... Simon oli surnud... ja Jack oli... Pisarad hakkasid voolama ja ta keha raputasid nuuksed. Esimest korda siin saarel andis ta neile nüüd alla. Ägedad, meeletud ahastusekrambid raputasid teda. Ta puhkes valjusti nutma, seistes musta suitsupilve all, saare leegitsevate varemete ees. Nakatatuna sellest tundepuhangust hakkasid teisedki poisid vappuma ja nuuksuma. Ja nende keskel, räpane, nina kasimata, juuksed pulstunud, nuttis Ralph kaotatud süütuse pärast ja pimeduse pärast, mis on inimese südames, ja selle pärast, kuidas lendas sügavikku truu ja tark sõber, keda hüüti Põssaks.

Ohvitser oli neist nutuhäältest liigutatud. Ta astus veidi kõrvale, et anda poistele aega end koguda, ja ootas, lastes pilgul puhata kauguses, kus seisis lahinguvalmis ristleja.